Факультативно.
1. Если конструкция как средообразующий и природный фактор, а также как восполняемый источник ресурсов для развития экономики республики имеет значение причины, то обособление необходимо. При отсутствии такого значения запятые не ставятся.
2. Корректно: Государственная политика в области развития минерально-сырьевой базы направлена на повышение инвестиционной привлекательности данной сферы, прежде всего за счет снижения административных барьеров для организаций горнопромышленного комплекса.
Если заполнить, то чем-либо. Восполнить пробел = ликвидировать.
Оба варианта возможны.
Варианты синонимичны.
Слово дно имеет форму множественного числа в современном русском литературном языке. Правильно: донья.