Правильно через дефис: первобытно-общинный.

Да, словарные рекомендации разнятся. На наш взгляд, предпочтительно ориентироваться на академический «Русский орфографический словарь» (4-е изд., М., 2012), в котором зафиксировано: первобытно-общинный.

Информация о том, что «в 2001 году в правила русского правописания были внесены изменения» не соответствует действительности. В 2000–2001 гг. Орфографической комиссией РАН, действительно, велась работа над внесением изменений и дополнений в правила русского правописания. К сожалению, работа эта не была доведена до конца – главным образом из-за негативной реакции общества на некоторые предлагавшиеся изменения, которая во многом была спровоцирована недобросовестным освещением этой темы в СМИ (журналисты, как водится, заговорили о «реформе языка», не понимая, что язык и правописание – далеко не одно и то же).  Аргументы лингвистов тогда остались неуслышанными, многолетняя работа приостановлена, и в результате сейчас официально действующим сводом правил правописания по-прежнему являются «Правила русской орфографии и пунктуации», принятые в 1956 году и существенно отстающие от современной практики письма.

См. также ответ на вопрос № 247113.