Ответы справочной службы
По правилам верно: филиал в г. Южно-Сахалинске. Подробнее см. в "Письмовнике".
Страница ответаВерен первый вариант.
Страница ответаЗапятые возможны. Они подчеркивают пояснительный характер обособленной конструкции.
Страница ответа