Пример оформления примечания см. в ответе № 240830.
Точка ставится после знака сноски. Особый случай: знак сноски в конце предложения в сочетании с точкой как знаком сокращения. В этом случае знак сноски ставят после точки как знака сокращения и опускают точку как знак препинания в конце предложения. Например: в 2013 г. 1
Знак сноски все равно ставится перед точкой – даже если примечание относится ко всему предложению.
Корректно: в документе.
Подробно о кавычках читайте в "Письмовнике" (рубрика "Грамотность").