Правильно: Ямской приказ.
Ударения указаны правильно. Почему именно так? В русском языке ударение подвижное, поэтому оказывается возможным такой сдвиг, как ЗвенИгород - ЗвенигорОдский, Ям - ямскОй.
Названия агломераций пишутся с большой буквы.
Полагаем, в заголовке можно отказаться и от кавычек, и от родового слова. И вот почему: кавычки выделяют собственные наименования из основного текста; будучи заголовком, слова "Омская марка" уже достаточно выделены.
Правильно: Римская империя.
Кавычки не требуются.
При употреблении в сочетании с родовым словом согласование не требуется: жители села Ясная Поляна.