Оба варианта верны.
Корректно (в разговорной речи): экскурсия на природу. Но: экскурсия в лес, в парк.
Верен первый вариант, см. «Письмовник».
Москва-сити может склоняться и не склоняться.
Второй вариант лучше.
О склонении числительных см. в Письмовнике.
Оба варианта возможны.
Корректно: студентка вуза (см. статью в орфографическом словаре), экскурсия по Томску (об употреблении слова город перед названием можно прочитать в «Письмовнике»).