Лучше: руководить объединенными первым и вторым цехами.
См. "Справочник по пунктуации".
Оба варианта верны.
Предпочтительно слитное написание.
Заяц – пассажир, не имеющий билета. Смысл фразы в том, что за проезд в общественном транспорте надо платить (или, если нет билета, ходить пешком).
Правильно: в целом.