Верны варианты расстановки запятых: Хранилище ключей необходимо для того, чтобы хранить сертификаты и ключи, которые используются при формировании подписи запроса и Хранилище ключей необходимо, для того чтобы хранить сертификаты и ключи, которые используются при формировании подписи запроса.
Выбор варианта зависит от намерений говорящего: в первом варианте подчеркивается причина необходимости создания хранилища, во втором же — сама необходимость создания хранилища.
Верно: скачать из облака (загрузить в облако).
Правильно: репозиторий (от англ. repository — склад, хранилище).
В значении "хранилища" верно: склАды.
Русское словесное ударение
склад, -а и -у (образ мыслей и привычек;порядок; логическая связь); ни складу ни ладу
склад, -а; мн. -ы, -ов (слог); читать по складам
Корректно употребление предлога В со словом хранилище. Такая же рекомендация относится и к слову нефтехранилище.