Возможны оба варианта.
В значении 'отсутствие кого-, чего-л. в нужном, достаточном количестве' можно употреблять оба слова. Но при этом недостаток – стилистически нейтральное слово, нехватка – разговорное.
К Вашим услугам:
- механизированный склад;
- радиоизотопный склад;
- холодильная камера.