Верно: частотно-зависимые цепи.
В большинстве случаев верным будет слитное написание.
Если далее следует противопоставление, то отрицательную частицу нужно написать отдельно.
Корректно слитное написание, если дальше не следует противопоставление, например: не формально, а как-то иначе.
А что Вы понимаете под университетской грамматикой?
Вы хотите сказать что у разных сортов сыра разные окончания? Непонятен вопрос.
Правильно: контекстно зависимый. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012.