Название Фили склоняется (вспомните: совет в Филях). Правильно: выехать из Филей.

См. в "Письмовнике".

Дядя Федор – это сочетание, которое можно воспринимать по-разному. Слово дядя имеет значение 'мужчина', поэтому в сочетании с именем собственным по отношению к ребенку оно может осмысляться целиком как имя персонажа. А в именах все слова пишутся с прописной буквы. Однако кажется возможным и другое понимание. Словом дядя шутливо называют сильного и рослого мужчину. Такое обращение вполне возможно и к мальчику. В этом случае написание дядя Федор правильно.

Верно: "Фили" открыты сегодня. Но лучше: станция "Фили" открыта.

Правильно: Лилии.

Указанные запятые не нужны.

Эти имена имеют разное происхождение.

При наличии двух мужских имен фамилия употребляется в форме множественного числа: Федор и Сергей Бондарчуки.

Правильно: профили.