Верно слитное написание.
Возможный вариант: При выборе этого варианта вам нужно будет также указать, в каких случаях следует подчеркивать названия значков: "Подчеркивать подписи значков" для всех значков и "Подчеркивать подписи значков при наведении" для значка, на который наведен указатель мыши.
Поставьте между буквами А и Я обычное тире с пробелами.
Это не противопоставляемые понятия. Предметный указатель вполне может быть алфавитным, то есть организованным по алфавитному принципу.
Пунктуация верна.