Это однокоренные слова. "Томичи" образовано от "Томск" суффиксальным способом (суффикс -ИЧ) с усечением производящей основы.
Значение слова софист Вы можете узнать в Большом толковом словаре на портале.
С географическим термином река наблюдается тенденция склонять названия женского рода и не склонять названия мужского рода: на реке Томи, но: на реке Днепр.
В обоих случаях местоимение свой употреблено корректно.