Правильно раздельное написание: государь император и Государь Император (офиц. титулование, при воспроизведении дореволюционных текстов).
Корректно: его сиятельство, Его Императорское Высочество (официальное титулование), по высочайшему повелению.
Здесь верно: Папа Римский; папа Франциск.