Обратитесь к рубрике "Письмовник": Что такое научный стиль?

Если ответы разные, то уместно употребление формы мн. ч.

Корректно: заведующий (чем?) теоретическим отделом.

И практически - слитно.

См. здесь.

Слово теоретически, логически не требует обособления.

Слово следует использовать в соответствии с его словарным толкованием:

СИНДИКАТ, -а; м. [франц. syndicat из лат.]
1. Крупное монополистическое объединение предпринимателей, которое берёт на себя осуществление всей коммерческой деятельности (заготовку сырья, определение цен, сбыт товаров и т.п.) при сохранении производственной и юридической самостоятельности входящих в его состав предприятий. Нефтяной, металлургический с.
2. В СССР в первый период нэпа: объединение трестов какой-л. промышленной отрасли (осуществляющее плановую закупку сырья и сбыт товаров).
3. Во Франции и некоторых других странах: название профессиональных союзов. < Синдикатный, -ая, -ое. С-ые организации.