Вероятно, выражение связано с тем, что физическое ощущение боли при "сведении скул" чувствуется именно на скулах. Кроме этого, в старых словарях скула выступает как синоним челюсти.
Конечно, формы единственного числа возможны. В именительном падеже правильно: скула, в предложном – скуле.