Верно: дупло в дубе.

Верно: в размере 7641 рубля.

Все зависит от того, какое значение Вы вкладываете в это сочетание, в каком контексте желаете употребить его.

Все приведенные Вами варианты возможны.

Из контекста это неясно. Существует распространенное суждение, что предлог по означает 'включительно', а предлог до такого значения не имеет, однако это суждение не подтверждается данными толковых словарей русского языка. См. в «Непростых словах»: до и по.

Справочники рекомендуют первый вариант.

В этом предложении следует писать раздельно: Прямые рейсы по России и за рубеж.

Верно: руб/кв. м (без точек). 

Косолинейные сокращения употребляются вместо словосочетаний, реже — сложных слов, напр.: а/я (абонементный ящик), к/т (кинотеатр), х/б (хлопчатобумажный), об/мин (оборот в минуту), р/с и р/сч (расчетный счет); в этих случаях после сокращенных элементов слов точки не ставятся.