Несоответствие связано с происхождением слов. Диффузия восходит к латинскому diffusio и попало в русский язык через посредство немецкого (Diffusion) и/или французского (diffusion). Родственный глагол диффундировать (он означает 'проникать, смешиваться путем диффузии; самопроизвольно распространяться во все стороны') также заимствовано из латыни (diffundere) через немецкий (diffundieren).

Это слова, имевшие в прошлом общий корень. Например, слова начало и конец - родственные. Они восходят к одной и той же индоевропейской основе *ken 'появляться, начинать'. Отсюда же слово искони 'вначале'. Слово конец в древнерусском языке имело значение и 'граница' (где что-то кончается и что-то начинается). Объяснить это можно, учитывая представления наших предков о времени. Древние люди считали, что время циклично, поэтому начало и конец – это одна точка на колесе времени.

Прежде всего, различают исконные и заимствованные слова. Заимствованные слова делят на группы в зависимости от того, в какую эпоху и из какого языка они заимствованы. Исконные слова делят на "лексические пласты" в соответствии с прослеживаемой историей и параллелями в родственных языках.

Оба варианта возможны.

В школьных учебниках термины однокоренные и родственные слова используются как синонимы. Однако описывать некоторые языковые явления удобно, разграничивая значения этих слов. В этом случае родственными называют слова, которые на современном этапе развития языка не осознаются как содержащие общий корень, но которые когда-то были однокоренными. См., например, наши ответы на вопросы № 284150, 282399, 281311.