Предпочтительно: Они прошли огонь, и воду, и медные трубы. Отсутствие запятых может указывать на то, что первые два однородных члена предложения образуют интонационно-логическое единство.
Фразеологизм звучит так: пройти сквозь огонь и воду (и медные трубы).
Буквально: пройти через все испытания, получить большой опыт.