Правильно: притоки р. Иртыш. Приложения – географические названия обычно не склоняются, когда род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают (река – женского рода, Иртыш – мужского). Ср.: притоки р. Волги.
Лучше: емкости для молока, для нефтепродуктов.
Ответ на вопрос "в чем?" - в приемке.
Запятая не нужна, так как части сложного предложения объединяются вопросительной интонацией.
Прививки по-прежнему должны делать, а не ставить.