1. Здесь нужно написать так, как в самом документе - проекте (проект Протокола или проект протокола).
2. Практика ставить точку перед закрывающими кавычками в таких конструкциях в документах существует. Однако все справочники по правописанию рекомендуют ставить точку всегда после закрывающих кавычек.
Пожалуйста, сформулируйте вопрос, на который мы должны Вам ответить.
В принципе правильны (с точки зрения синтаксиса и пунктуации) оба варианта, но второй воспринимается легче.
Оба варианта корректны.
Мы можем ответить Вам только на вопросы, касающиеся русского языка.
Корректно дефисное написание.