Запятая нужна вместо тире перед союзом иначе: Лучше бы этот трамвай шёл в правильном, стоящем направлении, иначе мы выдернем водителя из-за руля и поговорим с ним по-хорошему. 

Правило распространяется на наречия, образованные из сочетания предлога по и полных прилагательных или притяжательных местоимений (по-хорошему, по-моему, по-всякому). Один – особое слово, которое «совмещает в себе формальные признаки прилагательного с функциями количественного числительного» (определение академической «Русской грамматики»). Надо запомнить, что сочетание по одному в знач. 'поодиночке, следуя друг за другом' пишется раздельно: Кто хотит на Колыму – выходи по одному! Но: сделать сначала по-одному, затем по-другому.

Следует руководствоваться основным правилом и писать через дефис: по-хорошему-то.

В спорных ситуациях (когда непонятно, обращаемся мы к одному человеку или нескольким лицам), лучше писать вы с маленькой буквы. Вы с маленькой буквы в любом случае не будет ошибкой, здесь не надо бояться показаться невежливым: ведь обращение на вы (вместо ты) к человеку – само по себе признак уважительного к нему отношения. А вот злоупотребление большой буквой может отпугнуть грамотного человека.

Да, эти слова могут выступать как вводные. Но в Вашем примере слова "а по-хорошему и" начинают обособленный оборот, поэтому после них запятая не ставится. Корректно: Нужна была замена сальников, а по-хорошему и коленвалов.

Запятая нужна.