Если договор подписал генеральный директор, то верно: договор, подписанный генеральным директором.
Запятая не нужна.
В современном русском языке ударение в этих словах падает на первый слог. Другие варианты будут ошибочными.
Можно так: подписанный сторонами с помощью электронно-цифровой подписи.
Верно: Аемшей (Аемшой) Геннадием.
Варианты различаются по смыслу. Видимо, правильнее: экземпляр, подписанный (обратите внимание, что нужно поставить запятую).
Кавычки не нужны.
Нужно поставить одну запятую.