В слове понять корень с чередованием я/им, ср.: понятый, понятный, понимать, понимание. Исторически по- является приставкой, при более этимологичном подходе к морфемному членению ее выделяют и сегодня, сопоставляя слова понять, понимать и унять, унимать, внять, внимать.

Для корней с чередованием а(я)/им/ем и а(я)/ин в орфографии есть правило. Его можно прочитать, например, в справочнике ресурса «Орфографическое комментирование русского словаря». Там же можно найти множество слов с той же орфограммой. 

Думаем, на практике провести такое разграничение затруднительно. Более того, порядковые числительные в спецальной литературе называют также счетными прилагательными. Если значение слова первый так или иначе связано со счетом, порядком вещей, то его можно считать числительным. Если же значение слова первый - "лучший, отличный, главный" (первый ученик, первое лицо государства), то это, скорее, прилагательное.

Различие только в грамматике: в первом случае "ясно" сочетается с "понять" (ясно понять); во втором - с "дать понять" (ясно дать).

Иногда не требуется специальных знаний, для того чтобы их понять. Иногда не требуется специальных знаний для того, чтобы их понять.

Запятая нужна: кто вы — придаточное предложение (изъяснительное), зависящее от слова понять. Здесь действуют правила постановки знаков препинания в сложноподчиненном предложении.

Предпочтительно: Как понять, чего хочет клиент?

Правильно так.

Я все же хочу понять, только он мне нужен или я ему тоже нужна.

Запятая после которые не требуется: Важны шесть срезов, проходя через которые можно лучше понять ситуацию.