Сочетание первое полугодие корректно.
Возможны варианты: первое полугодие, 1-е полугодие, I полугодие.
Оборот в связи с этим обособлять не нужно. Если второе полугодие 2016 г. – это и есть отчетный период, то лучше так: В связи с этим ввод данных в ГАС Управление за следующий отчетный период (2-е полугодие 2016 г.) станет доступен с 01.01.2017.
Оба варианта корректны, выбор зависит от смысла и контекста.
Оба варианта правильны.