Современная норма: начисляется пени.
Запятая после иска не требуется.
Сейчас в значении "штраф" используется форма пени. Вариант пеня считается устаревшим.
Перечитали Ваш вопрос трижды и не нашли противоречий. Действительно, форма единственного числа (пеня) считается устаревшей, и рекомендуется употреблять форму множественного числа: пени, пеней, пеням и т. д.
Запятая перед пени не нужна.
Оплатить – то, за что платят: учебу, поездку, лечение, услуги... Уплатить – то, что платят: взнос, штраф, пени... Из приведенных Вами вариантов надо выбрать уплачивается, а еще лучше – написать выплачивается. Обратите внимание: правильно по завершении отчетного периода.
Оплатить – то, за что платят: учебу, поездку, лечение, услуги... Уплатить – то, что платят: взнос, штраф, пени...
Правильно: пени, пеней, пеням и т. д.
Корректно: калькулятор пеней.