Сказаться — отразиться на ком-, чем-л., повлиять на кого-, что-л. Так, возможно и, например, сочетание (что-то) хорошо сказалось (на чем-то).
Поэтому сочетание отрицательно сказаться полностью корректно.
Традиционно при описании движений головы в ситуации, когда человек выражает свое несогласие с чем-либо или с кем-либо, используют обороты с глаголом мотать: он отрицательно мотал головой, она опровергающе замотала головой.
Возможный вариант:
1 апреля 1928 г., во время окончательного утверждения сметы, прошло сокращение штатов: количество работников было доведено до 254 человек, что сразу же отрицательно отразилось на деятельности милиции, и со стороны населения стали поступать нарекания, что сотрудники милиции жалобы не принимают.