Слово тогда, наряду с то и так, может выступать коррелятом условных союзов типа если (см. § 3002 и § 3011 «Русской грамматики» 1980 г.). Соответственно, пунктуация при двойном союзе если... тогда такая же, как при двойном союзе если... то...

Обосновать, почему в том или ином месте знак ставить не надо, труднее, чем объяснить, почему необходимый знак отсутствует: в правилах пунктуации в основном представлены случаи, в которых надо ставить тот или иной знак препинания, и гораздо меньше внимания уделяется ситуациям, когда никакой знак не ставится. При ответе на вопросы о конкретных предложениях часто приходится ограничиваться замечанием, что для постановки знака (знаков) нет оснований. Приведенное Вами предложение именно такое.

Впрочем, в этом предложении допустимы знаки препинания, выделяющие обстоятельство в темноте, которое можно логически осмыслить как уточнение к обстоятельству во время ненастья: Жутко оказаться в лесу во время ненастья, в темноте, рядом с диким зверьем.

Наречие очень относится не к сказуемому-существительному животное непосредственно, а к прилагательному сильное, что существенно отличает Ваш пример от примеров типа Мой отец для меня друг и наставник или  Москва теперь порт пяти морей, приведенных в пункте 6 параграфа 15 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

Вы правы, перед союзом и, соединяющим два сказуемых, которые относятся к одному подлежащему, запятая не нужна.

Согласно правилам, существительное, которому предшествует два или несколько определений, указывающих на разновидности предметов, ставится в форме единстенного числа, если перечисляемые разновидности предметов или явлений внутренне связаны, например: в правой и левой руке (половине, стороне и т. п.); оперное и балетное искусство; промышленный и аграрный переворот; учащиеся среднего и старшего школьного возраста.

Поэтому верно: не надо делить команды на первый и второй сорт.

Нет, здесь не надо ставить запятую. Здесь нет сравнения, а союз как имеет значение «в качестве».

Вводные слова и предложения выделяются запятыми, вводные предложения могут выделяться тире (например: Есть у нас везде — думалось мне — даже и в такой дыре, Скобелеве, свои люди). Правилами регламентирована пунктуация при двух вводных словах:

«При сочетании двух вводных слов между ними ставится запятая: Чего доброго, пожалуй, и женится, из умиления души (Дост.); Стало быть, по-вашему, физическим трудом должны заниматься все без исключения? (Ч.); Признаться, право, было б жаль мне опечалить их [отца и мать] (Л.); Не надо нас мужикам-то, не ровён час, пожалуй, и в шею накладут (М.-С.)» (Розенталь Д. Э. Справочник по русскому языку. Пунктуация. § 25, п. 3).

В Вашем предложении лучше следовать приведенному правилу и поставить две запятые: ...а во-вторых, думалось мне, пусть постепенно приучается к тому... 

По правилам нужно.

Тире поставить можно в обеих частях предложения, чтобы обозначить паузу: Мне — 10 лет, ему — 11. Если предполагается спокойное, ровное прочтение с одной паузой между частями, то тире ставить не нужно. 

Деепричастный оборот нужно обособить, Вы расставили знаки препинания правильно.