С точки зрения языка оба варианта верны.

Отрицание не пишется раздельно с наречиями (кроме образованных от имен прилагательных с помощью суффикса -о), а также с неизменяемыми словами, употребляющимися в роли сказуемого, например: не вблизи, не вовремя, не вполне, не вправе, не впрок, не всерьёз, не вскользь, не вчера, не досыта, не завтра, не зря, не иначе, не навек, не навсегда, не нарочно, не очень, не позади, не полностью, не сегодня, не слишком, не сверху, не сразу; не жаль, не замужем, не зазорно, не надо. См.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / Под ред. В. В. Лопатина. М., 2006. § 146.

Такое правило действует только для наречий, образованных от прилагательных с помощью суффикса -о, например: негромко (тихо), нелегко (трудно), немало (много). С остальными наречиями, а также с неизменяемыми словами, употребляющимися в роли сказуемого, не пишется раздельно, например: не вовремя, не всерьез, не зря, не иначе, не очень, не прочь.

Думаем, можно просто сослаться на словарную рекомендацию - проверить слово в словарном порядке: не вовремя, но некстати.

Правило звучит следующим образом: отрицание не пишется раздельно с наречиями (кроме образованных от прилагательных с помощью суффикса -о), а также с неизменяемыми словами, употребляющимися в роли сказуемого, напр.: не вблизи, не вовремя, не вполне, не вправе, не всерьез, не вчера, не досыта, не иначе и т. д. См.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник. М., 2007.

Корректно: зачастую не вовремя.