Такое несоответствие, действительно, есть. Пункт «Правил русской орфографии и пунктуации», в котором говорится о необходимости писать первая мировая война, вторая мировая война строчными буквами, устарел и не соответствует современной письменной норме (рекомендация писать эти сочетания строчными во многом была обусловлена идеологическими причинами); сегодня словари фиксируют Первая мировая война, Вторая мировая война. Но вот только устаревшим источник назвать нельзя: «Правила русской орфографии и пунктуации», принятые в 1956 году, по-прежнему являются официально действующим сводом правил русского правописания.

Такое недоразумение – официально действующие правила правописания, в ряде случаев значительно отстающие от современной практики письма, – можно устранить только одним способом: утвердить в качестве официального обновленный свод правил (никаких революций и реформ, разговорами о которых любят нас пугать работники СМИ,  при этом не потребуется: достаточно всего лишь сформулировать заново некоторые – немногочисленные! – пункты правил правописания, исходя из потребностей сегодняшего дня). Работа над новым сводом правил русского правописания была начата около 10 лет назад, но потом была приостановлена на неопределенный срок по независящим от лингвистов обстоятельствам.

Пояснительные согласованные определения не выделяются, а лишь отделяются от поясняемого определения запятой. Пояснение возникает при особых по значению определениях — они имеют общий неконкретизированный, неопределенный смысл. Второе, поясняющее определение снимает неопределенность. Пояснение может возникнуть и в случае, когда первое определение достаточно конкретно (например, выражено числительным), а второе определение поясняет его иными словами.

Последнее предложение описывает Ваш случай. Поэтому следует поставить запятую только перед пояснительным определением: Вы открыли третью, последнюю книгу трилогии...

В подобных случаях винительный падеж существительного указывает на определенный предмет, а родительный – на предмет неопределенный. Ср.: жду поезд Саратов – Москва (определенный, прибывающий в такое-то время по расписанию) – жду поезда (одного из поездов); чаще существительные конкретные при глаголе ждать и других подобных употребляются в форме винительного падежа.

Как Вы видите, рекомендации не строгие, возможны оба варианта управления.

Эти местоимения по-разному толкуются словарем: что-то - некий предмет, некое явление, нечто; что-нибудь - какой-н. неопределенный предмет (явление) или безразлично какой.

Как можно видеть по толкованиям, эти местоимения во многих случаях взаимозаменяемы, но в значении "безразлично какой предмет" может употребляться только местоимение что-нибудь, например: Купи что-нибудь в магазине.