Слова вода и водка исторически родственны, но сейчас их вряд ли можно признать однокоренными, значение слова водка невозможно истолковать через значение слова вода. Приведем статью из этимологического словаря Н. М. Шанского и Т. А. Бобровой.
Во́дка. Искон. Суф. производное от вода. Первоначальное значение «спиртовой лекарственный настой» (на травах). Значение «водка», очевидно, возникло у этого слова под влиянием польск. wódka — свободной кальки лат. aqua vita «алкоголь» (буквально — «вода жизни»).
Большой толковый словарь
Лекарственный, водный экстракт какого-л. вещества, растения. Хвойный, ромашковый н. Н. на травах. Н. липы, ревеня. Сделать н. из хвои.
НАСТОЙКА, -и; мн. род. -стоек, дат. -стойкам; ж.
1.
Спиртной напиток, настоянный на ягодах, плодах, травах. Вишнёвая, клубничная н. Выпить рюмочку настойки. Сделать настойку из сливы.
2. Разг.
Лекарственный спиртовой экстракт какого-л. вещества, растения. Н. йода. Н. мяты, календулы. < Настоечный, -ая, -ое. Н. запах. Н-ые пятна на скатерти.