В данном случае определение иную относится не непосредственно к существительному тайну, а к сочетанию охраняемую законодательством Российской Федерации тайну. Соответственно, запятая не нужна. Сравним примеры заячий наполовину потёртый воротник; большой собранный автором материал и т. п. (пункт 7 параграфа 10.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя).

Поскольку в предложении всё же есть определяемое существительное лестница, прилагательное единственной и причастный оборот сохранившейся со времени постройки собора не теряют функцию определений. Однако запятая между ними не требуется, так как определение единственной относится не непосредственно к существительному лестницы, а к сочетанию причастного оборота и существительного, то есть к сочетанию сохранившейся со времени постройки собора [лестницы]. Случай в целом аналогичен примерам из пункта 7 параграфа 10.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: заячий наполовину потёртый воротник; большой собранный автором материал и т. п.

Определение накопившихся относится не непосредственно к существительному фактов, а к сочетанию причастного оборота и существительного, то есть к сочетанию экспериментально доказанных фактов. Случай аналогичен примерам из пункта 7 параграфа 10.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: заячий наполовину потёртый воротник; большой собранный автором материал и т. п.

В сочетании остальные указанные вами сервисы запятые не нужны. Причастный оборот указанные вами находится перед определяемым словом сервисы и не обособляется. Определение остальные относится к сочетанию причастного оборота и существительного (указанные вами сервисы) и не отделяется от него запятой. Случай аналогичен примерам из пункта 7 параграфа 10.1 Справочника Д. Э. Розенталя: заячий наполовину потёртый воротник; большой собранный автором материал и т. п.

Если вводное слово стоит в начале обособленного оборота, запятые ставятся перед вводным словом и после всего обособленного оборота. После вводного слова запятая не ставится. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".

Поэтому верно: Хозяйка его, кажется наполовину гречанка, хотела нанять...

Верно и так и так.

Оба варианта соответствуют нормам русского литературного языка. 

Ваш муж прав наполовину. В итоге – наречное выражение, оно не требует постановки знаков препинания. А вот частица что ли обособляется. О пунктуации при этих и других словах и сочетаниях см. в «Справочнике по пунктуации».

Корректно: наполовину пустая, наполненная до половины.

Запятая не нужна. Верно слитное написание.