Представляется, что запятая перед и не нужна. Ее отсутствие подчеркнуло бы стремительность действий: быстро появилась туча и сразу пошел дождь. Первая часть (Но только мы подошли к лесу) вполне может быть осмыслена как общая для второй и третьей.
Другая интерпретация смысла (Но только мы подошли к лесу, вдруг набежала синяя тучка, и [через некоторое время, потом] из неё посыпался частый крупный дождь) кажется маловероятной.
Примеры изысканны :)
Думаем, такое пунктуационное оформление будет корректным.
Корректны оба варианта.
Глагол бежать и соответствующие приставочные глаголы (побежать, забежать и т. д.) в школе называют разноспрягаемыми. Они образуют все формы, кроме формы 3 л. мн. ч., по II спр.: бегу, бежишь, бежит, бежим, бежите; а форму 3 л. мн. ч. – по I спр.: бегут.
Верны оба варианта.