Верен первый вариант, повторять предлог не нужно.
См. в Горячей десятке вопросов.
Да, мужская фамилия Мохарей склоняется.
Правильно: в городе Москве. Подробно см. в Письмовнике.
Сочетание Москва-река пишется через дефис, при этом первую часть названия можно склонять, но можно и оставить несклоняемой.