Существительное мониторинг управляет родительным падежом. Правильно: мониторинг чего-либо (мониторинг цен, мониторинг общественного мнения).
Большой толковый словарь
Система постоянных наблюдений, оценки и прогноза изменений состояния какого-л. природного, социального и т.п. объекта. Биологический, экологический, культурный м. Система мониторинга. < Мониторинговый, -ая, -ое. М-ые данные.
Верно: мониторинг микрофлоры.
Варианты "включает" и "включает в себя" равноправны, но фраза "ГОСТ включает мониторинг" некорректна. М. б.: ГОСТ включает правила мониторинга?
Приставка пост... пишется слитно: постпрограммный.
Книжный (официально-деловой) вариант: осуществлять мониторинг. В разговорной речи возможно: мониторить.
Правильно дефисное написание: ЭКГ-мониторинг.
Верно: По результатам проверки будут даны поручения руководителям подразделений, в частности погрузочного, сортировочного и транспортного, проводить дальнейший мониторинг.