Склоняются все компоненты имени, оканчивающиеся на согласный: Абу Хамиса Фарука Махамада, Абу Хамису Фаруку Махамаду.
А как в паспорте у выпускника – Махамад или Махамадович? Написание в документах должно соответствовать написанию в паспорте.
В данном случае это синонимы, оба варианта верны.