Грамматически формы множественного числа у этих слов есть, но не употребляются.
Возможны варианты: налил кефира, налил кефиру (вариант с -у разговорный), налил кефир (если имеется в виду весь имеющийся кефир).
Молоко, кефир, простоквашу пьют. Йогурт - и пьют, и едят.
Кефир – напиток, его пьют. Правильно: пить кефир.
Кефир -- от осетинского k'aepy, мегрельского kipuri 'простокваша'.
Дерево -- суффиксальное производное от той же основы, что и драть, древнеиндийское daru, греческое dory, хеттское taru и т. д. Первоначальное значение существительного дерево -- 'выдранное или ободранное'.