Правильно склонять (как в первом варианте). Подробнее см. в «Письмовнике».
Мужская фамилия склоняется, а женская нет. Правильно: удостоверение выдано Вовчоку Николаю Сергеевичу.
В документах принято написание: Александр Сергеевич. При имитации на письме звучащей речи: Александр Сергеич. Произносить можно и так и так.
Правильно без запятой.
Мужская фамилия Атанесян склоняется, женская – нет. Правильно: тетрадь Атанесяна Николая (но: тетрадь Атанесян Марии).
Корректен первый вариант.
Если к человеку обращаются по имени, отчеству и фамилии, что традиционно для официального общения, при этом уважительно и вежливо по отношению к собеседнику, необходимость использовать слова господин или гражданин отсутствует. Напротив, формат сокращенного обращения, когда имя и отчество адресата не названы, допускает употребление подчеркнуто официальных слов господин или гражданин в сочетании с фамилией или с наименованием должности. Едва ли есть какие-либо основания расценивать обращение с одним из этих слов как оскорбительное, но несомненно то, что следует уделять особое внимание форме официального обращения к адресату и отчетливо представлять, какое и когда может быть уместным, а у какого есть все шансы быть воспринятым критически или даже иронично.