Корректно: Работник принимается в структурное подразделение "служба главного инженера" на должность инженера.
Им. п. мн. ч. - инженеры.
В конструкциях с составными числительными, оканчивающимися на два, три, четыре, винительный падеж сохраняет форму именительного независимо от категории одушевленности. Литературная норма: наша бригада включала девяносто два инженера. Вариант включала девяносто двух инженеров – разговорный.
Правильно: и. о. главного инженера.
Предпочтительно: на время.
Запятую можно поставить, если рассматривать слова в семье инженера и врача как присоединительный оборот (содержащий попутное пояснение).
Запятая не ставится.
Правильно склонять обе части: инженеров-геологов.
Это винительный падеж, такие конструкции носят разговорный оттенок (но разговорная речь тоже часть литературного языка).