Правильно через дефис.

Названную запятую ставить не нужно.

Слово майя имеет два литературных произносительных варианта: ма[ййа], ма[йа].

Звуки принято писать в квадратных скобках. 

Буква Ь может выполнять две различные функции: 1) смягчать предшествующий согласный звук, не обозначая отдельного звука (как в слове деньги); 2) обозначать, кроме мягкости предшествующего согласного, звук [j]: семья, вьюн.

Буква Ъ обозначает отдельный звук - [j] (как в слове объезд).

В этом слове букв – 6, а звуков – 5: [фанар'].

Давайте прислушаемся к тому, как звучит слово. После ударного гласного [а] перед безударным гласным чистый согласный звук [j] (й) не произносится. Сравните со словами, где звук [j] предшествует ударному гласному: яблоко, поем, бьют. Перед безударным гласным звук [j] превращается в звук, по качеству очень близкий к гласному [и]. В лингвистике его называют «и неслоговой». Но этот звук фактически сливается с последующим гласным, который произносится как нечто среднее между [и] и [э], более близим к [и].

В школе при выполнении фонетического разбора такие тонкости звучания чаще не учитываются, поэтому указывают, что буква е после гласного вне зависимости от ударной или безударной позиции обозначает два звука [j] и [и].

Пожалуйста, сформулируйте Ваш вопрос.

Полагаем, можно подчеркнуть, указав над буквой я, что она обозначает два звука, подчеркнув дополнительно [й]. Хотя рассуждать можно и иначе: задание — подчеркнуть буквы, обозначающие мягкие согласные звуки, а не буквы обозначающие два звука. Что имели в виду составители задания, трудно разгадать.