Лучше поставить двоеточие: Они замерли, как были: один сжался в комок, другой закрыл лицо руками. Ваш вариант пунктуации тоже возможен.

Если бы в предложении отсутствовало слово тогда, наречие осенью можно было бы считать общим второстепенным членом: Осенью семейство Павловых вернулось в Москву и жизнь в усадебном доме замерла. Но наличие слова тогда этому препятствует. Запятую нужно поставить: Осенью семейство Павловых вернулось в Москву, и тогда жизнь в усадебном доме замерла.

Деепричастный оборот, стоящий после сочинительного или подчинительного союза либо союзного слова, отделяется от него запятой (такой оборот можно «оторвать» от союза и переставить в другое место предложения). То же после присоединительного союза, которым начинается предложение (союз стоит после точки): Ты возникла внезапно. И, увидев тебя, я замер от счастья (ср.: Ты возникла внезапно. И я, увидев тебя, замер от счастья).

Предпочтительна точка: Всё замерло: деревья, трава, кусты. Всё готовилось к зиме.

В существительных среднего рода на -ье в предложном падеже единственного числа пишется буква Е: в восхищенье, о счастье. См.  «Справочник по правописанию и литературной правке» Д. Э. Розенталя (§ 37).

Существует устойчивый оборот остановился как вкопанный. В устойчивом обороте запятая не ставится. В Вашем предложении вместо глагола остановился используется синонимичный глагол замер. Запятую можно оправдать изменением состава устойчивого оборота, однако, на наш взгляд, замена на синоним не разрушает данный фразеологизм, значение его сохраняется, поэтому запятая все же не нужна.  

Да, кавычки поставлены правильно.