Оба варианта верны. Слово микроб может употребляться и как одушевленное, и как неодушевленное существительное.
Правильно: Европейский союз.
Запятая поставлена правильно.
В современном русском языке корень известн-. Значение слова известный сейчас нельзя вывести из современных значений приставки из- и слов с корнем весть, поэтому приставка в этом прилагательном уже не выделяется.
Правильно: Европейский континент.
Аббревиатура пишется прописными: ЕС.