Верен второй вариант: ...документов, подтверждающих достоверность.
В Вашем примере пунктуация также зависит от смысла: Таким образом, выявленные нарушения могут повлиять на достоверность отчетности (=следовательно, нарушения могут повлиять) или Таким образом выявленные нарушения могут повлиять на достоверность отчетности (=таким способом нарушения могут повлиять).
Здесь верно: обеспечиваются.