Правильно здесь: содержатся. Форма 3-го лица глагола пишется без мягкого знака.
Верно: К тому же в них содержится много витаминов и клетчатка, улучшающая пищеварение.
Верно: содержатся в продолжении инструкции (в знач. "в следующей части").
Если придаточная часть состоит из одного союзного слова, то запятая не ставится.
Предпочтительно согласование в ед. ч.: в приложении содержится...