Эффективный - то же, что действенный. Корректно: эффективные меры, эффективное лекарство, средство, эффективные способы. А что такое эффективный вопрос?
Корректно: практически действенный.
Лучше так (с точки зрения пунктуации): Благодарность за многолетнее действенное и плодотворное сотрудничество. Со смысловой точки зрения слова действенное и плодотворное дублируют друг друга, что-то нужно убрать.