Давайте к здравому смыслу обратимся. Когда мы говорим "шел девяностый год", мы не имеем в виду "восемьдесят девятый с половиной", не так ли? (Хотя, говоря о возрасте человека, мы можем иметь это в виду.) Точно так же и "девяностые" - это годы с 90-го по 99-й.
Верно: Она пришла к финишу пятьсот девяностой.
Сочетание лихие девяностые воспринимается как образный описательный оборот (не как название) и устойчиво пишется со строчной буквы.
Так и говорят: нулевые, десятые.