Подобные обстоятельственные обороты обособляются на письме факультативно, в зависимости от их интонационной обособленности.
Мы не выполняем домашние задания. Справиться с этим заданием Вам поможет фразеологический словарь.
Предлог за лишний. Корректно: Инструкцию №...
Громко кивнуть вряд ли получится, но можно что-то говорить и при этом кивнуть головой.
Традиционно при описании движений головы в ситуации, когда человек выражает свое несогласие с чем-либо или с кем-либо, используют обороты с глаголом мотать: он отрицательно мотал головой, она опровергающе замотала головой.
Лучше так: выдать новый исполнительный лист взамен выданного ранее.
Верно: пОднятой.