Для того чтобы узнать окончание глагола, нужно его проспрягать: входишь, входят и т. д. Становится ясно, что неизменяемая основа слова: вход-. Следовательно, в форме настоящего времени вхОдите (с ударением на о) окончание: -ите.
А если речь идет о форме повелительного наклонения с ударением на и (входИте), то следует вспомнить, что повелительное наклонение образуется с помощью суффикса -и-. Следовательно, здесь -и- будет суффиксом, а -те — окончанием.
Оба варианта возможны.
Верно: входит более пятидесяти подразделений.
Предпочтительно: входит.
Да, в этом слове выделяется приставка наи-.
Лучше: принимать душ.
При разборе слова по составу выделяют основу (т.е. комлекс словообразовательных морфем).