Правильно: НИИ автоматики, НИИ вооружения.
Возможные варианты: Предупрежден, значит вооружен (сходно по значению 'и следовательно') и Предупрежден – значит вооружен.
Могут быть варианты: В конце концов, предупрежден – значит вооружен и В конце концов, предупрежден, значит вооружен.
Верно: не означает усиления.
Рекомендуем писать в кавычках.
Корректно так:
Как говорится в русской поговорке, кто предупрежден, тот вооружен.