Оба выражения существуют (но с разными значениями!).
Эти сочетания могут выступать как контекстные синонимы (например, в публицистическом тексте), хотя юридически, вероятно, они не вполне равнозначны.
Принято писать без тире и кавычек: далее по тексту Соглашение или далее Соглашение.
Верно: соглашение с Минпромторгом России.